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毛竹基因組序列測序工作全面完成

時間: 2013-02-28 08:20 來源: 中國綠色時報 點擊次數: 2637

    中國木材網訊 毛竹基因組序列測序工作全面完成,填補了世界竹類植物基因組學研究空白,開創了我國林木基因組學研究先河。2月25日,在北京舉行的“毛竹基因組測序研究”項目成果新聞發布會發布了這一消息。

毛竹

圖:毛竹

    “毛竹基因組測序研究”項目由國際竹藤中心、中國林科院林業研究所和中國科學院國家基因研究中心等科研單位的科學家共同組織開展,江澤慧教授主持。項目組從2008年開始相關研究工作,采用第二代高通量測序技術,對毛竹進行全基因組隨機測序,獲得了相當于毛竹基因組150倍覆蓋率的原始序列,組裝出高質量的序列草圖。2月24日,“毛竹基因組序列草圖”在世界權威生物學雜志——《自然·遺傳學》上在線發表,這標志“毛竹基因組測序研究”項目圓滿完成。

    毛竹基因組包含超過20億個堿基對,是水稻的4.5倍,是高粱的3倍,與玉米相當。鑒于毛竹基因組內含有高比例和大片段的重復序列,項目組科學家們對序列的組裝方法進行了大膽改進,經過幾十次嘗試,終于組裝出覆蓋基因組95%以上區域的高質量序列草圖,揭示了60%的毛竹基因組為重復序列所覆蓋。這是目前世界上完全使用第二代測序方法測定的、結構最為復雜的高等植物基因組之一,序列組裝的難度甚至超過了用同樣方法測定的高等動物基因組。與此同時,科學家們還對毛竹主要組織進行了深度的轉錄組測序,獲得了大量基因表達信息,結合先期已經發表的一萬多條全長cDNA序列,注釋出近3.2萬個高度可靠的毛竹基因,約占毛竹基因總數的90%。由此建立的基因表達譜,覆蓋了毛竹大部分的自然生長階段,其中包括了非常少見的毛竹開花時期的基因表達數據,成為今后基因功能研究的重要基礎性數據。

    國際竹藤中心主任江澤慧,國家林業局副局長孫扎根,科技部副部長王偉中,農業部副部長、中國農科院院長李家洋出席發布會并講話。中國林科院、國際竹藤中心首席科學家彭鎮華介紹了“毛竹基因組測序研究”項目科研成果。

    孫扎根說,我國是竹類植物資源大國,栽培和利用歷史悠久。現有竹子種類、竹林面積、竹產品產量均位居世界首位。近年來,經過不懈努力,竹產業已成為許多地方壯大區域經濟和促進農民就業增收的重要途徑,竹子已成為增加森林總量和促進經濟社會發展的重要資源,竹文化已成為陶冶人們情操和傳承中華文明的重要載體。毛竹基因組測序研究取得的成果,為竹資源定向培育和高效利用提供了強有力的基礎理論依據和科技支撐,為我國林業開展重要物種的基因功能、分子育種及其他相關領域的研究奠定了堅實的基礎,為世界竹類及相近門類植物研究、拓展應用方式積累了經驗,對推動我國乃至世界林業發展具有重大意義和深遠影響。

    毛竹屬于禾本科竹亞科植物,是具有最高生態和經濟價值的竹類植物,在禾本科植物中占有特殊的地位。我國有毛竹林面積386萬公頃,占全國森林面積的2%和所有竹類植物面積的72%。毛竹基因組序列測序工作全面完成,第一次闡明了毛竹于5000萬年前從禾本科植物中分化出來,繼而于1000萬年前形成了四倍體,最后演變成現代二倍體毛竹的進化歷史;第一次從基因組的層面,對包括快速生長和開花調控在內的毛竹特殊生理過程的形成和機理進行了描述與解釋。這些經過分析和提煉產生的數據與基因組序列一起,為毛竹及其他竹類作物的生物學研究奠定了重要的數據基礎,將徹底改變以往竹類植物分子生物學研究中,由于缺少參考序列而產生的研究效率低下和分析誤差較高的局面,具有巨大的科學價值和現實意義。


(責任編輯:蘇木)

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